汉代董仲舒提出“罢黜百家,独尊儒术”,开中国2000余年的儒学正统之先声。随着以孔子为代表的儒家学说的社会地位上升,琴也受到了社会的极大尊崇。琴学的正统地位,一方面使得先秦各种活跃的琴学思想逐渐凝固为儒学教条,另一方面,也使两汉时期古琴艺术在理论的总结方面,取得了较大的成就。比如东汉琴家桓谭所著《新论》中《琴道篇》,蔡邕所著《琴操》等。
汉代琴论中关于礼乐关系,《新论·琴道》记载有“琴之言禁也,君子守以自禁也。……八音广博,琴德最优,古者圣贤玩琴以养心”,《风俗通义·声音·琴》中有“雅琴者,乐之统也,与八音并行。然君子虽在穷 闾陋巷、深山幽谷犹不失琴。”《琴操·序首》有“昔伏羲氏作琴,所以御邪僻,防心淫,以修身理性,反其天真也”等。汉代的琴论继承发展了《左传》中乐论的观点,提高了古琴在八音中的地位。明确说明音乐的使用要合于礼,强调作为文人修身养性的琴乐,其目的就在于端正人心,禁止“淫邪”等不合礼的观念和行为。
汉代琴论中的礼乐思想影响了以后的两千余年。音乐和政治的关系,是汉代琴论突出强调的问题之一,在这一时期的文献有不少记载。《史记》、《新论》、《淮南子》有大量篇幅加以论述,说明音乐对治国的重要性。这一时期的琴论中还涉及到音乐和自然的关系,比如《新论·琴道》记载,“昔神农氏继宓羲而王天下,上观法于天,下取法于地,近取诸身,远取诸物……”。说明古琴的产生取之天地,和自然有着紧密的联系,把古琴形制附会于自然天象,视其为效法天地而作。蔡邕《琴操》也持相同观点:“琴长三尺六寸六分,象三百六十日也。广六寸,象六合也……。上圆下方,法天地也”。这些琴论反映了作者追求天人合一的思想。《淮南子·泰族训》所载“神农之初作琴也,以归神杜淫,反其天心”;蔡邕《琴操·序首》记载“昔伏羲氏作琴,所以御邪僻,防心淫,以修身理性,反其天真也”。两段琴论中提到的“反其天心”、“反其天真”,借用了道家的观点阐明音乐要返璞归真、回归自然本性的观点。这在当时独尊儒术的环境下,与“琴者,禁也”的主流言论相比,对古琴音乐的发展有着积极的意义。